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配置GROMACS进行氢键分析的环境

本文于2021年1月9日由AlvinCR更新

1 安装环境

1.1 Cmake

CMake是一个跨平台的安装(编译)工具,可以用简单的语句来描述所有平台的安装(编译过程)。他能够输出各种各样的makefile或者project文件,能测试编译器所支持的C++特性,类似UNIX下的automake。只是 CMake 的组态档取名为 CMakeLists.txt。Cmake 并不直接建构出最终的软件,而是产生标准的建构档(如 Unix 的 Makefile 或 Windows Visual C++ 的 projects/workspaces),然后再依一般的建构方式使用。这使得熟悉某个集成开发环境(IDE)的开发者可以用标准的方式建构他的软件,这种可以使用各平台的原生建构系统的能力是 CMake 和 SCons 等其他类似系统的区别之处。

使用 cmake –version查看cmake版本

我这里cmake version为 2.8.12.2 ,但是安装GROMAS手册最低要求版本是3.9(截至到2020.5.31最新版本是3.17,一开始下载的是旧版3.10,结果无法运行gromacs的安装步骤,好像显示的是某个包不全,需要更新的版本)

wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.17.3/cmake-3.17.3.tar.gz

tar -xvzf cmake-3.17.3.tar.gz

cd cmake-3.17.3

./configure

make

make install

1.2 升级GCC

如果在安装gromacs时出现以下问题,需要升级GCC到5.0版本以上才可以

安装GCC 6.3.0
wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-6.3.0/gcc-6.3.0.tar.gz
tar xvf gcc-6.3.0.tar.gz
cd gcc-6.3.0
./configure –prefix=/usr/local/gcc –enable-threads=posix –disable-checking –disable-multilib –enable-languages=c,c++ –with-gmp=/usr/local/gmp –with-mpfr=/usr/local/mpfr –with-mpc=/usr/local/mpc
make -j20&&make install

1.3安装FFTW库

 

本文作者:AlvinCR,网站:alvincr.com

2 安装GROMACS

2.1 安装步骤

首先下载GROMACS,目前我使用的版本是以前下载的2020.1版本(好像是5.0.7)

tar xfz gromacs-2020.1.tar.gz
cd gromacs-2020.1
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
make install

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

 

2.2 安装问题

(1)如果出现 CMake 3.9.6 or higher is required. You are running version 2.8.12.2,说明cmake版本太低,需要升级cmake

(2)如果安装完成仍出现下面情况,重新开启终端即可。出现段错误(吐核)也是如此

(3)找不到openssl使用以下命令

yum install -y openssl-devel

./configure

 

 

最后要吐槽一下我这个BUG体质,即使按照别人给好的代码,怎么做都会有ERROR,也许正是因为如此我才要去记录自己的代码,发现并解决别人没有的问题,让大家都能够顺利完成相关内容。

本文作者:AlvinCR,网站:alvincr.com

参考:https://blog.csdn.net/dream_allday/article/details/65485205

https://blog.csdn.net/caicaiatnbu/article/details/87983234

https://blog.csdn.net/suibianshen2012/article/details/81504577

https://blog.csdn.net/u014608280/java/article/details/80569328

http://sobereva.com/457

 

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